Το νομικό πλαίσιο λειτουργίας του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας καθορίζεται από την ΚΑ/679/22.8.1996 κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομικών και Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων (Φ.Ε.Κ. 826 Β΄), όπως αυτή κυρώθηκε με το άρθρο 36 του ν.3794/2009 (Φ.Ε.Κ. 156 Α΄) και τροποποιήθηκε με τα άρθρα 36 & 37 του ν. 3848/2010(Φ.Ε.Κ. 71 Α΄). Συμπληρώνεται δε από τον Οδηγό Χρηματοδότησης και Διαχείρισης ο οποίος εγκρίθηκε με την αριθμ. 35/629/16-10-2008 απόφαση της Συγκλήτου του Δ.Π.Θ. και δημοσιεύτηκε στο Φ.Ε.Κ. 416/9-3-2009, Τεύχος Β΄, σύμφωνα με την εξουσιοδοτική διάταξη του άρθρου 3 παρ. 2 εδάφιο α΄ του Νόμου 3027/2002 (Φ.Ε.Κ. 152 Α΄).
